BGISEQ-500 RNA-Seq销量动辄“屡创新高”？真相是……
3月17日推出，上市仅三个月样品量突破8000；
上市四个月，样品量突破10000；
截至10月25日，样品量突破20000……
华大基因自主平台BGISEQ-500的首款产品RNA-Seq，凭借高质量的测序、平易近人的价格，销售量屡创新高！
不过，在销量捷报频传的同时，科技君也听到了一些质疑的声音，比如：
“测序质量真的像你们宣传的这么高吗？”
“都是套路，我不知道你咋分析出来的，也不知道图片是不是PS过的！”
……
面对这些“来势汹汹”的质疑，科技君没有“方”，毕竟，睿智如爱因斯坦老人家曾说过：“指引我道路的最高理想，且屡次提供我勇气以欢喜面对人生的是，仁慈、美丽与真相。”
追求真相，是无限接近真理的过程，考验的是人类的勇气。
提供真相，展现的恰恰也是一个机构的勇气，以及底气。
科技君很乐意与你们共享，所有与BGISEQ-500相关的真相。
原始下机数据大公开
日前，BGISEQ-500首款产品RNA-Seq的第一批UHRR标准品数据已经在线，http://www.bgitechsolutions.com/science/cat-91-588.html（建议用电脑版微信打开下载，点击页面下面“阅读原文”也可直接查看）。免费不限量供应，想怎么玩就怎么玩。
UHRR人标准品BGISEQ-500 RNA-Seq分析结果展示
表1 数据结果统计
图1 Reads的碱基含量分布图
X轴是碱基在read中的位置，Y轴代表此类碱基的含量比例。
图2 Reads碱基质量分布图
X轴是碱基在read中的位置，Y轴代表碱基质量值，图中每个点表示此位置达到某一质量值的碱基总数，颜色越深表示数目越多。碱基质量分布反映了测序reads的准确性，测序仪、测序试剂、样品质量等均能影响碱基质量。从整体上看，如果低质量(<20)的碱基比例较低，说明这个lane的测序质量比较好。
图3 Reads在参考基因上的分布情况
由于参考基因长度各不相同，我们将检测到的基因按长度平均划分成N等份，每一等份我们称之为一个窗口，统计各个窗口上覆盖的Reads数。
图4 与qPCR相关性
通过将RNA-Seq定量结果与qPCR进行相关性检验，来验证RNA-Seq测序是否准确，相关性越高越好，通常认为在0.85以上为好。
不仅如此，华大担心大家缺少玩的工具，直接附上各种主流的分析工具（见下方）。
附分析方法
Alignment Rate:
Gene unique map rate* defined as the rate of reads mapped to one unique gene, including reads mapped to multiple transcripts of the certain gene.
Software:
Align to genome: HISAT2 version 2.0.1-beta --sensitive -I 1 -X 1000
Align to gene/transcriptome: Bowtie 2 version 2.2.5 --sensitive --dpad 0 --gbar 99999999 --mp 1,1 --np 1 --score-min L,0,-0.1 -p 16 -k 200
Database:
Genome: hg19
Gene/transcripts: RefSeq download from UCSC
Gene expression:
Software:
rsem-1.2.12
Database:
Gene/transcripts: RefSeq download from UCSC
如果您有任何疑问，欢迎留言给科技君，或咨询当地科技代表，当然也可以通过如下方式联系我们：
电话：400-706-6615
邮箱：info@bgitechsolutions.com
网站：www.bgitechsolutions.com
地址：深圳市盐田区洪安三街21号华大综合园7栋，518083
*最终解释权归深圳华大基因股份有限公司所有。
撰稿：蔡 悦、赵 青
编辑：市场部
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